柯南的主线集数就有以下这些：分别是名侦探柯南国语版TV版第265集与黑暗组织再次重逢，名侦探柯南国语版第186集来自黑暗组织的神秘女子。

第001集. “云霄飞车杀人事件”

第005集. “新干线大爆破事件”

第190集. “与黑暗组织再次重逢”（灰原篇）

第191集. “与黑暗组织再次重逢”（柯南篇）

第192集. “与黑暗组织再次重逢”（解决篇）

第363集. “四台保时捷”（前篇）

第364集. “四台保时捷”（后篇）

第1集，琴酒给工藤新一灌下药物变小。

第2集，变小的工藤新一求助阿笠博士，化名江户川柯南住进毛利侦探所。

第3集，柯南转入帝丹小学，首次替小五郎解决案件。

第4集，柯南 光彦 步美 元太组成少年侦探团。

第5集，柯南再次在新干线遇到琴酒和伏特加，窃听得知代号。（TV版为假琴酒和假伏特加）

第6集，铃木园子首次登场。

第7集，小兰首次怀疑柯南身份。

第9集，柯南使用麻醉针和变声器替毛利小五郎破案，人称“沉睡的小五郎”。

第10集，柯南假装恢复身体与小兰对话

第11—12集，麻生成实弹奏钢琴在大火中死去，成为柯南一生的遗憾。

第14集，广田雅美首次登场。

第19集，警视厅高层管理官松本清长首次登场。

第44集，工藤优作和有希子得知工藤新一变小的事情，联络国际刑警的势力调查黑衣组织。

第49集，服部平次首次登场，前来毛利侦探所挑战工藤新一。

第50集，柯南第一次恢复身体，和服部平次推理对决。

第56集，在电玩公司掌握组织线索，成员龙舌兰被炸死。

第59集，服部平次第二次登场，并开始怀疑柯南身份。

第60集，服部平次得知工藤新一和柯南是同一个人。