引物设计总出错?不知道从哪找到想要的基因序列?科研工作中,我们总是会被各种各样的问题绊住,时间耗进去了,却不见什么成果……
俗话说“工欲善其事,必先利其器”,与其在那一个人死磕,还不如掌握一些实用的科研工具,搞起科研来说不定有事半功倍的效果!
NCBI作为大名鼎鼎的科研信息数据库,功能非常强大,是我们搞科研必不可少的工具!
其包含的各类数据库是科研数据积累的宝藏,只要我们认真挖掘,合理使用,一定会让我们在科研路上如虎添翼。
但是新手在使用NCBI上总是有很多欠缺,老手在使用方面也不能做到面面俱到。
为了方便大家在构思研究思路时,能合理使用NCBI进行相关数据查找!解螺旋整理了NCBI 6大实用技能详尽教程,包含NCBI、Primer Premier、Blast、GeneCards、GEO、PubChem,让你的科研效率提升N倍!
目录↓↓↓
适合人群↓↓↓
不知道如何找到自己需要的数据的同学
不知道如何进行数据预处理的同学
面对海量数据无从下手的同学
不会数据分析的同学
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89页NCBI教程 科研快人一步
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NCBI数据库简介
NCBI负责创建自动系统,用于存储和分析有关分子生物学、生物化学和遗传学的知识,是大量数据库和软件的集合。
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NCBI常用数据库介绍及使用方法
包括NLM Catalog数据库、GEO Profiles数据库、GEO、DataSets数据库、ClinVar数据库、Conserved Domains数据库、SRA数据库、SNP数据库、PubChem BioAssay数据库、Structure数据库等的使用方法。
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NCBI常规工具使用方法
NCBI功能强大,我们会教大家一些NCBI常规工具的使用方法,包括基因/蛋白序列查询、批量序列下载、特异性引物设计、开放阅读框查询、mRNA、启动子序列查询。
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彩蛋
更有临床文献查询、临床数据库实操、Pubmed文献订阅等彩蛋等你发现。
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63页Primer Premier教程 手把手教你引物设计
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引物设计原理及各参数
引物设计是一小段单链DNA或RNA(而非氨基酸二级结构),作为DNA复制的起始点,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链,在引物的3′-OH上,核苷酸以二酯链形式进行合成,因此引物的3′-OH,必须是游离的。
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引物设计流程
首先需要进行DNA序列获取,一般用NCBI查找,比如要设计rat的CK18 mRNA检测引物,首先选择Nucleotide,然后在搜索栏输入rat CK18,获取基因序列后,把序列复制到Primer Premier进行引物设计。
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Primer Premier软件设计流程
我们将以经典引物设计软件Primer Premier 5版本为例进行解析,从软件的安装激活到使用,每一步都超详细。
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引物设计常见问题及经验总结
在用Primer Premier进行引物设计的时候,我们总会遇到一些问题不知道怎么解决,考虑到这一点,解螺旋为大家整理了引物设计常见问题及解决方案,并附上经验总结。
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49页Blast教程 深入研究基因和蛋白质
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Blast简介
Blast是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)的 Eugene Myers, Stephen Altschul, Warren Gish, David J.Lipman 及 Webb Miller 博士开发的一个基于序列相似性的数据库搜索工具,是研究基因和蛋白质的最基本方法之一。
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NCBI提供的Blast服务
Blast可谓生信领域最常用的工具,拿到一段序列(测序结果,或设计好的引物等等),一般都会去blast一下,查找相似序列。
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深入了解Blast
我们还会详细讲解Blast的算法基础和流程,带大家深入了解Blast2、megaBlast、PSI-BLAST、 PHI-BLAST等程序。
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93页GeneCards教程 人类基因综合数据库
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GeneCards
GeneCards数据库作为检索人类基因信息的最优解,整合了众多文献信息,覆盖了多个数据库对于基因的分析数据,囊括了基因相关的任何信息。
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注册与登陆
我们会先从GeneCards数据库的最基本常识讲起,如主界面认识、注册登录等,更可让初识GeneCards、一脸懵逼的“0基础”学员们快速进阶入门。
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基因检索
GeneCards有快速检索模式、高级检索模式、基因检索模式三种,我们将逐一举例演示,手把手教会大家!
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检索结果列表解读
学会检索之后,我们会带大家解读检索结果,让学员们更有效率地进行基因注释和关联分析。
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基因信息解读
学会使用GeneCards,就掌握打开基因功能研究大门的第一把钥匙,可谓一理通,百理融。
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89页GEO教程 傻瓜式一站式分析
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GEO数据库简介
GEO数据库是最大的公共数据库之一,包含多种平台的数据,常见的芯片数据、高通量数据(RNAseq、ChIP、单细胞测序数据)……
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GEO Profiles检索模式
GEO Profiles数据库负责收录一个基因在一次试验中的定量基因表达数据,适用于直接检索或查看目标基因在GDS数据集中的表达。
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GEO DataSets检索模式
GEO DataSets 数据库收录整个试验的数据,适用于检索数据集。
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GEO2R在线分析
GEO2R是GEO提供的在线分析工具,可对系列数据(Series)进行分析。
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GEO2R数据下载与预处理
通过GEO2R,能更快速的判断这个数据集中是否含有自己研究所需要的内容(分组、处理、变量、是否含有预后信息等等)。
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79页PubChem教程 带你玩转PubChem
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PubChem简介
PubChem数据库是由美国国立卫生研究院管理的美国国家医学图书馆下属国家生物技术信息中心开发,是世界上最大的免费化合物信息数据库。
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检索途径
PubChem检索方式有关键词检索、结构式检索、批量检索这三种,我们将实操演示这三项检索功能。
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检索结果解读
对于研究者来说,收集数据只是第一步,而后是找到内在联系,我们将以aspirin为例,带大家进行检索结果解读,
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数据下载
日常使用中,我们可以通过访问网站检索需要的PubChem数据。但是,在需要作大量计算,匹配,可视化操作时,网站提供的信息处理方式未必够用。这时,我们可以通过下载,解析,建立数据库的方式,处理这些数据。