常用网站介绍|基因宝库之Ensembl篇

Ensembl由欧洲生物信息学研究所(European BioinformaticsInstitute，EBI）和英国桑格研究院(Sanger Institute)合作开发，支持比较基因组学、进化、序列变异和转录调控的研究。针对不同类型的物种ensembl有对应的数据库，具体见下表。本期将主要介绍使用脊椎动物网站查找基因序列和BLAST的操作方法。

进入官网，主界面如上图所示。

（1）主要工具

BioMart：RNA在线ID转换工具。

BLAST/BLAT：序列相似性搜索工具，可用于DNA和蛋白质序列比对分析。

VEP：Variant Effect Predictor，分析基因变体，并预测已知和未知变体的功能变化。

（2）检索框

在下拉列表中可选择目的基因的物种，输入基因名称、ID或其他关键词搜索信息。或者进入物种详情界面（如下图所示），在搜索栏的下拉列表中选择其他选项，包括基因、转录本、变体、表型、结构变体、基因树、蛋白翻译等选项，输入对应的关键词搜索信息。

了解了主页内容，接下来小编就来详细介绍下利用ensembl查找基因序列和BLAST的操作方法。

1、查找基因序列

以“人TP53”为例，在主页面选择物种人，输入基因名称即可，查询结果见下图。点击目标基因或转录本进入详情界面。

进入第一个搜索结果的详情界面，内容包括基因描述、染色体位置、其他数据库的链接等信息。点击“Show transcript table”可展示所有转录本，转录本详细信通过转录本ID跳转查看。

获取序列需点击左侧菜单栏中的“Sequence”，页面刷新后如下图所示。

点击“Download sequence”出现下图对话框，根据需要选择相应的基因区域下载序列，最下方可选择序列文件格式，点击“Download”即可下载。

1、BLAST

点击网站首页上方菜单栏“BLAST/BLAT”进入界面。首先输入目的序列，接着选择物种，点击“Change species”选择其他物种，也可添加多个物种，确认后点击“Apply”，页面上会显示选择的所有物种，最后选择需要比对的数据库和比对工具，点击下方的“Run”即可。

BLAST结果界面如下，点击“View results”查看结果详情。

结果详情如下图所示，表格左上角“Show entries”用于设置每页展示的结果数量。结果包括比对的转录本、对应的基因名称、能够比对上的序列等信息，点击右上角的表格图表可下载该页面的比对结果。

本期主要介绍了脊椎动物的ensembl网站查找基因序列和BLAST的操作方法，其他物种的网站操作方法也大致相同。下期介绍转录因子常用数据库JASPAR和PROMO，感兴趣的小伙伴可以留意一下哦~

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