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没有实验数据不能发文章？生信分析是你最好的伙伴，帮你实现空手套白狼。新手小白在学习的过程中总会遇到一些很基础的问题，今天小薇就把自己刚开始学生信分析以及文章写作中遇到的问题简单给大家汇总一下，还附带了解决办法哦。快来看看吧：

1. GEO(Gene Expression Omnibus)数据库是什么？

回答：数据库包括基因表达谱数据（mRNA），小RNA表达谱数据（miRNA, lnRNA等），SNP数据，甲基化数据等。GEO把研究者递交的数据分成三个等级的实体类型，分别是平台（platform）、系列（series）及样本（sample），这三者的平台登录号首字母分别为GPL, GSE及GSM。至今已存储了214268个样本，8300个系列，4500个平台。

2. 生信分析的基本流程是什么？

回答：公共基因芯片数据下载，分析差异表达基因，随后进行GO、pathway、生物网络（PPI网络、调控网络、miRNA靶基因网络）、小分子数据分析。

3. FDR全称及意义？

回答：全称为False discovery rate，相对于校正后的p值，当FDR<0.05时，提示差异表达基因显著。

4. GO富集分析中BP, MF, CC分别代表？

回答：BP, biological process, 生物过程；MF, molecular function, 分子功能；CC, cellular component, 细胞组分。

5. PPI网络后续统计分析中连通度？

回答：连通度，即与节点连接的边数，也及是与该节点建立连接的节点数。节点度k被广泛应用于衡量节点的重要性，相对节点对网络整体性质的影响而言，度只强调节点对网络的直接影响。（Hub蛋白）。

6. 如何从GO富集分析、KEGG通路分析、PPI分析等分析中提取重要结果？

回答：首先根据p 值分别从各个部分中提取结果，之后各个分析综合来看，取其中有较多重合的结果为重要结果，同时还要结合已报道文献，从中挑选比较好讨论的进行讨论。同时，在进行讨论，多参考NCBI数据库对基因的研究。

7. 常用的GO/KEGG分析结果的输出形式？

回答：表格式、柱形图、点状图。

8. GO/KEGG分析结果的代表含义？

回答：ID：KEGG数据库中通路唯一的编号信息。

Description: Gene Ontology功能的描述信息。

GeneRatio: 差异基因中与该ID相关的基因数与整个该Term总基因数的比值

BgRation: 所有（bg）基因中与该ID相关的基因数与所有（bg）基因的比值

Pvalue: 富集分析统计学显著水平，一般情况下，P-value <0.05改功能为富集项p.adjust 矫正后的p-value。

Qvalue: 对p值进行统计学检验的q值。

Count: 差异基因中与该Term相关的基因数。

9. 在miRNA靶基因富集的KEGG pathway图谱中，generatio和 p value两个参数，哪个更重要？

回答：两个参数都有参考价值，p value值越低说明结果越显著，generatio越高说明参与的基因越多。因此要选择p value值低及generatio值高的点作为讨论的重点。同时，还要结合其他分析的结果综合选择。

10. 怎样将PDF图片转为300DPI以上TIF格式？怎样设置图片背景色？怎样拼图？怎样进行图中标注？

回答：使用Photoshop软件。用ps打开，有对话框修改DPI，再另存为就可以；新建背景图层，设置为白色修改背景；拼图修改画布大小，直接拖曳拼一起；标注直接点文字工具写字即可。

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