上期主要介绍了RBP相关模块的使用方法,本期为starbase最后一期内容,将介绍Pathway和Pan-Cancer两个模块的使用方法。
Pathway
该模块包括4个子模块:mirTarPathway、rbpTarPathway、rnaTarPathway、ceRnaPathway。可让研究人员自行结合clip-seq、降解组学、靶标基因预测数据库、Pan-cancer等多维度证据预测目的基因的靶标,并通过KEGG或GO等对靶标基因的功能进行注释。
这里小编以mirTarPathway模块为例说明使用方法。首先在页面左侧设置条件。
条件设置完毕后页面自动跳转预测结果,页面上方显示设置的参数,点击pathwayName列的链接即可前往gsea-msigdb数据库查看详细信息。
详情界面如下,点击external links的链接可跳转KEGG查看信号通路图。
Pan-Cancer
该模块通过分析TCGA数据库整合的32种癌症类型(约10000 RNA-seq和约9900 miRNA-seq样本)的表达图谱,提供lncRNA、miRNA、假基因、snoRNA、RNA结合蛋白(RBP)和所有蛋白质编码基因的泛癌症网络。共有6个子模块,接下来小编以miRNA相关的模块为例介绍Pan-Cancer的使用方法。
miRNA Differential Expression
该模块显示miRNA在癌症样本和健康样本中的差异表达分析。
1、输入miRNA名称或miRBase ID。
2、与目的miRNA关联的癌症,点击癌症名称右侧即可显示目的miRNA在癌症样本和健康样本中的差异表达分析图。
3、选择研究的癌症,下方即可显示目的miRNA在癌症样本和健康样本中的差异表达分析图。
miRNA Survival Analysis
该模块显示miRNA在高表达和低表达的癌症样本中的生存分析。
条件设置与miRNA Differential Expression模块相似,在左侧输入miRNA名称或miRBase ID,选择与目的miRNA关联的癌症,或在右侧上方选择研究的癌症,即可查看目的miRNA在高表达和低表达的癌症样本中的生存分析。
miRNA-Target CoExpression
该模块显示miRNA-靶基因在某个癌症多个样本中的表达量。
1、输入miRNA名称或miRBase ID。
2、输入靶基因(编码蛋白或非编码RNA)。
3、与目的miRNA关联的癌症,点击癌症名称右侧即可显示miRNA-靶基因在某个癌症多个样本中的表达量。
4、选择研究的癌症,下方即可显示miRNA-靶基因在某个癌症多个样本中的表达量。
右图横坐标为miRNA表达量,用log2(RPM+0.01)表示;纵坐标为靶基因表达量,用log2(FPKM+0.01)表示。RPM=ExonMappedReads*10^6/TotalMappedReads,FPKM=ExonMappedFragments*10^9/(TotalMappedFragments*ExonLength),两者数值越高,目的基因的表达水平越高。
Gene Differential Expression、Gene Survival Analysis和RNA-RNA CoExpression三个模块的使用方法可参考miRNA的相关模块。
至此,starbase网站的所有模块使用方法介绍完毕,下期将介绍人类转录因子数据库hTFtarget的使用方法,感兴趣的小伙伴可以留意一下哦~
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